Долгое время Задвинье вынуждено было существовать без своей лютеранской церкви из-за весьма странных указаний рижского магистрата. В них сначала запрещалось возводить свой храм как бы то ни было, в XVIII веке властители «смягчились» и дали великодушное разрешение, но с условием: не только вести строительство за свой счёт, но и выплатить церквям святого Иоанна и Белой Даугавгривской, к которым было приписано большинство задвинцев, компенсации за каждого ушедшего прихожанина. Лучше бы они просто отказали, чем так издеваться — просителям такие расходы были явно не по карману.
Гром не грянет — мужик не перекрестится. Старые предписания оставались в силе до несчастного случая на Пасху 1845 года, когда при пересеходе Даугавы вдруг начался ледоход, и пучина реки забрала многих прихожан. Такое случилось уже в 1744 году, но без жертв, а теперь, после такой трагедии поневоле пришлось дать деньги на строительство левобережной церкви — так же постановило и собрание Большой гильдии, произошедшее 18 февраля 1846 года, ровно триста лет после смерти Мартина Лютера.
Финансированием тоже занялась гильдия. Сначала намеревались отсчитать на строительство 10 000 рублей, но потом эта сумма возросла ещё на шесть тысяч, и вместо деревянной церкви было решено строить каменную. Старейшина Большой гильдии Эберхард Михаэль фон Булмеринг в декабре 1850 года тоже занялся благотворительностью и пожертвовал двадцать тысяч, из которых на восемь преполагалось приобрести землю и построить каменный дом для священника, а с оставшихся копить проценты и ежегодно выплачивать их тому же пастору: по 600 рублей. Получилось немного сэкономить: территорию под храм землевладелец Шварц подарил.
15 мая 1850 года зодчий Иоганн Даниель Фельско предоставил проект для утверждения, и вскоре начались работы. Новую церковь в довольно аскетичном неороманском стиле освятили 26 октября 1852 года. Нынешний вид — две башни со стороны входа вместо одной ближе к реке и алтарную апсиду, а главное, на треть большую площадь — здание приобрело после основательной реконструкции зодчим Генрихом Шелем в 1877-88 годах. Новые башни строились не только для красоты — в них были предусмотрены лестницы, чтобы вместе с балконом вместительность храма достигла двух тысяч человек.
Но, поскольку численность и латышского, и немецкого приходов росла, да и по некоторым другим причинам немцам к 1910 году захотелось построить себе отдельный храм — Новую церковь святого Мартина. Для этих целей нашли землю, подаренную потомком всё того же Шварца, и 58 000 рублей денег, только время оказалось неверно выбранным, ибо война прервала этот замысел. Теперь в архивах пылится нереализованный проект того здания в стиле национального романтизма, автор — архитектор Вильгельм Бокслафф.
В 1855 году освятили и орган с 14 регистрами работы мастера А. Мартина, выделявшийся своим красивым украшением. Но приходу пришёлся по душе и новый, установленный в 1893 году орган известной немецкой фирмы Валькер с двумя мануалами и 20 регистрами. Неприятное происшествие случилось перед Рождеством 1909 года, когда злоумышленники выкрали органные трубы, но вскоре они были восстановлены, а хулиганов так и не нашли.
При церкви, как водится, открыли и школу, это произошло 1 сентября 1853 года, в 1860 году начала работу воскресная школа; работала и библиотека с числом книг около тысячи. В 1878 году священник Штарк основал «Школу Анны» в Ильгюциемсе по нынешнему адресу Вильняс 2а — бесплатный приют на восемьдесят маленьких детей.
Первая Мировая война эвакуировала все колокола, прекратила работу школы по невостребованности. 8 января 1915 года приход открыл лазарет на двадцать мест, позже добавил ещё десяток. Уже 20 июля лазарет закрылся, зато помощь беженцам продолжалась. Деньги шли из добровольных пожертвований, ведь все счета были эвакуированы вместе с банками. Потом, в 1919 году, пришли большевики, устроили митинги в церкви, сидя в шапках и с папиросами, да вдобавок арестовали священника. Количество прихожан умемньшилось с двадцати семи тысяч примерно вдвое.
Как только стало поспокойнее, в том же 1919‑ом в храме провели электрическое освещение; в 1923 году купили новый колокол для курантов. Год спустя была приобретена и замена пропавшему в эвакуации основному колоколу: из тех, что вернули, а хозяина не нашлось. За него из принципиальных соображений, чтобы не возникло трудностей с разделом ценностей после постройки нового храма, заплатил только латышский приход. Впрочем, со временем беспочвенные надежды пропали, а после 1939 года прекратил существование и немецкий приход.
Когда советская власть пришла во второй и третий раз, она уже не насмехалась над церковью так, как в девятнадцатом году, хотя многие церковнослужители и пострадали. Старались хулиганы, несколько раз устраивавшие ночные беспорядки в храме, пока в 1973 году приход не решил раскошелиться на сигнализацию.
Гораздо древнее самой церкви кладбище, ведь директивы не запрещали хоронить умерших в своём районе. Годом основания самостоятельных рижских кладбищ можно считать 1772-ой, когда Екатерина Великая указом запретила класть покойников под церковными полами и снаружи, возле стен. А уже через год появилось престижное по задвинсим меркам Агенскалнское кладбище или кладбище Мартина. Чуть раньше открылось и Большое кладбище, и, странное совпадение, закрыли их примерно в одно время с одной целью — в случае с первым, в 1951 году для создания мемориального парка. В частности, это бы почтило память таких знаменитых людей, как фармацепт Иероним Гриндель или композитор Эмилс Дарзиньш. Жаль деревянную часовенку, построенную ещё в 1786 году, которую вандалы сожгли в семидесятых. В отличие от случая с органом, тут виновных даже не старались найти.
И всё-таки, хотя оно и находилось совсем рядом, Агенскалнское кладбище изначально отношения к церкви святого Мартина не имело и принадлежало всё той же церкви святого Иоанна, равно как и Торнякалнское кладбище не имело отношения к близлежащей церкви Лютера. Лишь 11 января 1882 года разрешили открыть собственное кладбище, ныне это в Плескодале. До тех пор прихожан хоронили также на Дзегужкалнсе и на Лазаревском, ныне Лачупском, кладбище. На последнем в 1907 году тоже получилось выхлопотать небольшой участок.