Шведский король Густав II Адольф, завоевав Ригу в 1621 году, решил прогнать из города всех католиков, заставить их отдать лютеранам все храмы и не возвращаться. Сто лет так и было, но в 1721 году Пётр Первый приказал выделить им одно место для служб. Магистрат повиновался — что ещё оставалось делать — и выделил старый деревянный домик возле свалки мусора за палисадами. Но теперь они были довольны и этим, поэтому, построив небольшую капеллу, там молились вплоть до конца XIX века. Её остатки до сих пор видны за зданием по адресу Католю, 14 — католическим госпиталем, памятником архитектуры классицизма. В основном, рижскими католиками занимались францисканцы, поэтому нетрудно объяснить выбор покровителя церкви.
Возле церкви открыли кладбище, единственное в Риге, предназначенное для этой конфессии, просуществовало оно до 1879 года. За это время успел скончаться приехавший в Ригу в гости к дочери, примадонне рижского театра, известный немецкий композитор Конрадин Крейцер — это случилось в 1849 году. Первоначальное надгробие — белый мраморный крест — не сохранилось, поскольку в 1913 году скульптор О. Ферст создал новое — два камня друг на друге, сверху ещё один пирамидальной формы, увенчанный крестом. На камне находится медальон с портретом композитора, а на кресте находится надпись «Conradin Kreuzer».
Рига 1889 года уже не была так стеснена религиозными рамками, католицизм пробрался даже в старую часть города в лице церкви Скорбящей Богоматери, поэтому не было препятствий возводить современный, большой и солидный костёл. Работу над проектом поручили инженеру Флориану фон Вигановскому. Вскоре возвели стены, провели центральное отопление, рижский мастер Габленц выковал всё, что требовалось, художники написали картины для алтаря (одну — автора Якоба Миттенлейтера — нашли с 1795 года), и церковь можно было освящать, что и сделали в 1892 году.
Алтарь в саду поставили в 1929 году, после открытия верующие прошли торжественным шествием по улицам Риги.
Долгая история Католической семинарии в Латвии с конца Второй Мировой войны продолжалась возле церкви святого Франциска. Сначала она работала в доме №14 по улице Католю, но его вдруг в 1951 году национализировали для нужд 61-ого детского сада. Для учёбы выделили соседний приходской дом №16, но и его спустя десять лет забрало государство, оставив семинарии только 230 м², не занятых 36‑ым домоуправлением. Было очевидно, что помещений не хватает, хотя после 1977 года рижская семинария получила статус всесоюзной и право принимать учащихся из всех республик, кроме Литвы, где подобное учебное заведение уже работало в Каунасе. Расширение начали с реконструкции старого сарая, получив 613 м². Затем (1988-1992) построили и новый корпус, где появилось и единственное в Риге культовое помещение, построенное при советской власти — небольшая часовенка.
То кладбище, о котором речь шла в начале статьи, ныне большинство рижан воспринимают как обыкновенный парк Миера, то есть Покоя, как напоминание о прежнем использовании территории. Ещё в 1908 году, при создании сада, садовнику Куфальдту напомнили о санитарных правилах, запрещавших на кладбищах какое‑либо строительство, а в том случае — кафе; с большими усилиями возвели домик сторожа. Увеселительные мероприятия вроде вечеров танцев или концертов тоже пресекались.
Пришедшему на смену Куфальдта Андрею Зейдаксу правила уже не мешали из-за истечения срока давности — ведь о кладбище вспоминали к 30‑ым годам ХХ века совсем немногие, зато им пришлись по душе эстрада на 5 000 слушателей, площадка для загара, песочница — каждому своё. После развлечений полезно подумать о смерти, решили проектировщики, и в 1927 году поставили скульптуру Рихарда Маурса «Memento mori».
Когда-то церковь святого Франциска была единственная, сохранившая традицию звонить три раза в день: на рассвете, в полдень и на закате, однако те, кто предпочитал утром выспаться, вынудили от первой части отказаться.