Три четверти рижской летописи — это и история храма у главного пути на восток. Путники и торговцы в него заглядывали помолиться на дорогу; бывало, там оставляли и реликвии перед торжественным вносом в город, как это было в 1478 году при ввозе ладана из Ревеля. Более того, в честь него одно время называлось всё предместье, пока не стало Петербургским.
1413 год стал первым лишь в её записанной истории. Тогда и долго ещё она располагалась примерно возле нынешнего кинотеатра «Рига». Даже дорогу от Песочных ворот (возле Пороховой башни) города к церкви замостили неожиданно рано: в 1592 году. Судя по изображениях прошлых лет, на фоне предместья церковь смотрелась весьма монументально; в Риге она действительно была не последней.
С другой стороны, перед одной серьёзной опасностью все прелести и почести меркли: вражьи армии её частенько испытывали на прочность. Нудно перечислять разрушения, стоит лишь отметить их количество — шесть. Иногда это делали ради простого разрушения, в 1605 году швед Мансфельд построил из церкви нечто фортификационное, а полвека спустя Алексей Михайлович прибрал к рукам орган и колокола. Так или иначе, за столь неприятными проишествиями всегда шло восстановление.
С 1767 по 1769 год адьюнктом священника в церкви служил небезызвестный немец-просветитель Иоганн Гердер.
После большого и нелепого пожара 1812 года предместную Ригу расчертили по‑новому, и в этом новом плане восьмиугольник на нынешнем месте церкви для неё как раз и предназначался. Тем не менее, новое здание возвели почему‑то на старом месте и долго ждали, прежде чем начать строить на предусмотренной площади. Первые камни на перекрёстке Базницас и Гертрудес, — улиц, которым они дали имена, — легли в 1864 году, 2 марта 1869 года новую церковь (архитектор Иоганн Фельско, около ста тысяч рублей ценой и 63 метра высотой) освятили, и старую можно было стирать с лица земли.
На одной церкви остановиться у большого прихода не получилось, пришлось строить вторую. Когда город убрал рынок у Большой водокачки, освободилось прекрасное на вид место. Воду, разумеется, город никуда убрать не мог, так что с ней пришлось сильно повозиться. Всё-таки в 1906 году построенное по проекту Вильгельма Стрика здание освятили. Туда же отправили старый орган, а Старая церковь святой Гертруды приобрела новый.