Нескончаемые войны не давали Риге покоя, и редкое нападение обходилось без серьёзных разрушений в предместьях. Так и церковь Иисуса пережила четыре воплощения, каждый раз обретая всё больший размах и презентабельный вид.
А началось всё в 1635 году, во время правления шведской королевы Кристины. Тогда рижане вздумали построить чуть поодаль от городских валов храм и назвать его в честь правительницы. Вроде бы и сверху разрешение получили, но вскоре в Ригу пришло известие: королева видела неприятный сон. Ей привиделось, что она восседала на двойном троне рядом с самим Богом, было страшно неловко и хотелось уйти, но правительницу держали и объясняли, что рижане, дескать, её обожествляют, и обязанности свои надо выполнять на месте. Пришлось внять королевиным указаниям и освятить новую церковь в честь Иисуса Христа.
Строительство завершили в 1638 году, использовав 18 000 камней из Любека, черепицу для крыши, жесть для шпиля — на всё ушло 108 274 марки и 8 рижских шиллингов. По традиции церковь получила подарки от богатых рижан: витражи с гербами дарителей, алтарь от ратсгерра Хинтельмана, кафедру от золотых дел мастера Гарфейса и много прочего. Из всех этих ценностей остался лишь один золотой кубок в стиле ренессанс, датируемый 1639 годом.
В 1656 году царь Алексей Михайлович и его войско предприняли попытку захвата Риги. Пусть им это и не удалось, кое‑как напакостить всё-таки получилось, в том числе поменять назначение предмета этой статьи с сакрального на фортификационное: насыпав полную церковь песка и расставив пушки, они вели обстрел города, а при отступлении в отместку её взорвали. Перед этим были награблены орган и колокола.
Долгое время приход вынужден был существовать без церкви, и лишь в декабре 1688 года освятили новую, построенную по проекту мастера Руперта Биденшу — уже прославившегося к тому времени башней церкви Святого Петра и пристройкой к церкви Святого Иоанна. Новое здание прежде всего вызывало гордость в сердцах жителей всех предместий своими курантами, единственными вне городских валов.
Это было небольшое деревянное строение с четырьмя окнами с каждой стороны, небольшим возвышением над более низкой алтарной частью, где и помещались часы, и барочным фронтоном спереди. К сожалению, оно только на два года пережило предшественницу и погибло в обстрелах 1710 года.
Вновь негде было молиться прихожанам, однако в этот раз на помощь неожиданно пришёл магистрат города, предложивший небольшой дом в форштадте, который некоторое время служил церковью. Весной 1733 года было готово новое здание, спроектированное зодчим Томом Бухумом: снова деревянное, снова с часами на башне, лишь фронтон в технике фахверка не напоминал культовое сооружение, скорее какой-нибудь склад. Но люди были и таким довольны, тем более что с 1767 года храм украшал красивый алтарь в стиле барокко, исполненный Карлом Аппельбаумом — его другое творение, тоже алтарь, сохранилось в церкви Святого Иоанна.
И снова война. В 1812 году здание погибло в огне, но в этот раз восстановление началось на удивление быстро — уже в 1818-ом. Для градостроителей пожар оказался просто благодатью: новую церковь можно было ставить на специальной восьмигранной площади на пересечении улиц. Само здание спроектировал Христиан Фридрих Брейткрейц, а после смерти архитектора в 1820 году достраивал Иоганн Петер Крик. 8 ноября 1822 года храм освятили.
В 1889 году добавился орган фирмы Зауера, в 1938 году произвели изменения в интерьере по проекту Паулса Кундзиньша. Церковь Иисуса долгое время оставалась самым большим деревянным зданием страны, и лишь сравнительно недавно уступила этот титул ресторану «Лидо» на улице Краста.