Нескончаемые войны не давали покоя Риге, а уж её предместьям приходилось страдать вдвойне, потому что редкое нападение обходилось без разгромления домов и церквей. Так и церковь Иисуса до её нынешнего вида пережила четыре воплощения, и каждый раз обретала всё больший размах и презентабельный вид.
А началось всё в 1635 году, в годы правления шведской королевы Кристины. Тогда рижане вздумали строить чуть поодаль от городских валов храм и назвать его в честь правительницы. Вроде бы и сверху разрешение получили, но вскоре в Ригу пришло известие: королева видела неприятный сон. Ей привиделось, что она восседала на двойном троне рядом с самим Богом, было страшно неловко, хотелось уйти, но правительницу держали и объясняли, что рижане, дескать, обожествляют её, и обязанности свои надо выполнять на месте. Пришлось королевиным указаниям внять и освятить новую церкoвь в честь Иисуса Христа.
Строительство завершили в 1638 году, использовав 18 000 камней из Любека, черепицу, жесть для покрытия шпиля — на всё ушло 108 274 марки и 8 рижских шиллингов. По традиции, церковь получила подарки от богатых рижан: витражи с гербами дарителей, алтарь от ратсгерра Хинтельмана, кафедра от золотых дел мастера Гарфейса и много прочего. Из всех этих ценностей остался лишь один золотой кубок стиля ренессанс, датируемый 1639 годом.
В 1656 году царь Алексей Михайлович и его войско совершили неудачную попытку завоевать Ригу. Хотя им это и не удалось, кое‑как напакостить получилось, в том числе поменять назначение упомянутой постройки с сакральной в фортификационную: насыпав полную церковь песка и расставив пушки, они вели обстрел города, а при отсутплении, в отместку, взорвали её. Перед этим были награблены орган и колокола.
Долгое время приход вынужден был существовать без церкви, и лишь в декабре 1688 года освятили новую, построенную по проекту мастера Руперта Биденшу, уже прославившегося к тому времени башней церкви святого Петра и пристройкой к церкви святого Иоанна. Новое здание прежде всего вызывало гордость в сердцах жителей всех предместий своими курантами, единственными вне городских валов.
Это было небольшое деревянное строение с четырьмя окнами с каждой стороны, небольшим возвышением над более низкой алтарной частью, где и помещались часы, и барочным фронтоном спереди. К сожалению, оно только на два года пережило предшественницу и погибло в обстрелах 1710 года.
Вновь негде было молиться прихожанам, однако в этот раз на помощь неожиданно пришёл магистрат города, предложивший небольшой дом в форштадте, который некоторое время служил церковью. Весной 1733 года было готово новое здание, спроектированное зодчим Томом Бухумом: снова деревянное, снова с часами на башне, лишь фронтон в технике фахверка не напоминал культовое сооружение, скорее какой-нибудь склад. Но люди были и таким довольны, тем более что с 1767 года храм украшал красивый алтарь в стиле барокко, исполненный Карлом Аппельбаумом, чьё другое творение, тоже алтарь, сохранилось в церкви святого Иоанна.
И снова война: в 1812 году она погибла в огне, но, как ни странно, восстановлена очень быстро по сравнению с предыдущими подобными ситуациями. Для градостроителей пожар — просто благодать, после него они смогли наконец создать такую планировку, какую им хотелось, и церковь Иисуса решили поставить на специальной восьмигранной площади на пересечении улиц. С 1818 по 1822 год строили храм по проекту Х. Ф. Брейткрейца (сам архитектор умер в 1820 году и не увидел готовое творение, освящённое 8 ноября 1822 года).
В 1889 году в церкви смонтировали орган фирмы Зауера, в 1938 году произвели небольшие изменения в интерьере по проекту Паулса Кундзиньша, но бóльших изменений не было, лишь честь называться самым большим деревянным зданием страны сравнительно недавно пришлось уступить ресторану «Лидо» на Краста.